مشكلات الجهاز الهضمي
يعتبر فطر الكورديسبس آمناً عند استخدامه لفترات قصيرة، ومع ذلك، قد يعاني بعض المستخدمين من آثار جانبية خفيفة تتعلق بالجهاز الهضمي، مثل آلام المعدة، الغثيان، الإسهال، وجفاف الفم. عادةً ما تزول هذه الأعراض فور التوقف عن تناول فطر الكورديسبس. من الجدير بالذكر أن الأبحاث الصحية قد ركزت على نوع محدد من الكورديسبس، وهو الكورديسبس سينينسيس (بالإنجليزية: Cordyceps sinensis)، من بين أكثر من 400 نوع تم اكتشافها، والذي يرتبط عادةً بهذه الآثار الجانبية.
الحساسية
رغم أن استخدام فطر الكورديسبس يعتبر آمناً بشكل نسبي، فإن المسار الذي يعمل به الفطر كعلاج ليس مفهوماً تماماً، وقد يسبب مشاكل لبعض الأفراد، خاصةً إذا كان الشخص يعاني من حساسية ضد الفطريات (بالإنجليزية: Yeast) أو الأعفان (بالإنجليزية: Molds). في هذه الحالة، قد يكون لديه حساسية تجاه الكورديسبس.
زيادة خطر النزيف
يمكن أن يبطئ فطر الكورديسبس عملية تجلط الدم الطبيعية، مما يؤدي إلى زيادة خطر النزيف لدى الأفراد الذين يعانون من اضطرابات نزيفية. لذلك، يُنصح هؤلاء الأشخاص بتجنب تناول فطر الكورديسبس. بالإضافة إلى ذلك، ينبغي الحذر من استخدام هذا الفطر قبل العمليات الجراحية، حيث قد يزيد من خطر النزيف، لذا يُفضل الامتناع عن استخدامه قبل عملية جراحية مخطط لها بأسبوعين على الأقل. كما يجب على الأشخاص الذين يتناولون أدوية مضادة للتخثر تجنب الكورديسبس، إذ يمكن أن يؤثر سلباً على فعالية هذه الأدوية، مما يزيد من خطر النزيف أو الكدمات بسهولة.
تفاقم أعراض الأمراض المناعية الذاتية
من الممكن أن يزيد فطر الكورديسبس من نشاط الجهاز المناعي في الجسم، مما قد يؤدي إلى تفاقم أعراض الأمراض المناعية الذاتية، مثل التصلب المتعدد، الذئبة، والتهاب المفاصل الروماتويدي، وغيرها من الحالات. لذلك، يُوصى للأشخاص المصابين بهذه الأمراض بتجنب تناول فطر الكورديسبس.
احتمالية انخفاض مستوى السكر في الدم
يجب على الأشخاص الذين يتناولون أدوية السكر تجنب فطر الكورديسبس، حيث إن استخدامه مع هذه الأدوية قد يؤدي إلى انخفاض حاد في مستوى السكر في الدم (بالإنجليزية: Hypoglycemia).